Od dzieciństwa mieszkaniec Sopotu, od zawsze harcerz, społecznik. Absolwent sopockiej "ósemki" Józefa Golca i II Liceum Ogólnokształcącego.

Doktor nauk ekonomicznych Uniwersytetu Gdańskiego. Absolwent Wydziału Budownictwa Lądowego Politechniki Gdańskiej, w czasie studiów Wicemarszałek Parlamentu Studentów. Absolwent Studium Podyplomowego Prawa Samorządowego na Uniwersytecie Gdańskim, oraz Studium Zarządzania Uniwersytetu Gdańskiego i Central Connecticut State University.

Od 1990 radny i wiceprezydent Sopotu, a od 1998 roku prezydent Sopotu. W latach 1990-98 radny Sejmiku Województwa Gdańskiego, przewodniczący Komisji Ochrony Środowiska. Od 2007 roku Wiceprezes Związku Miast Polskich; Delegat do Kongresu Władz Lokalnych i Regionalnych przy Radzie Europy, Współprzewodniczący Zespołu ds. Ustrojowych Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego.

Działalność polityczną rozpoczął na studiach jako członek władz Ruchu Młodej Polski. Był również współzałożycielem i członkiem zarządu Związku Akademickiego VERBUM. Za działalność opozycyjną został zatrzymany, odebrano mu paszport.

Współzałożyciel i członek władz Partii Konserwatywnej i Stronnictwa Konserwatywno Ludowego.

Od 2001 do 2008 związany z Platformą Obywatelską RP. Pełnomocnik Regionu Gdańskiego, później członek zarządu PO RP na Pomorzu.

Od 1988 do 1990 pracownik Biura Projektów Kolejowych PKP w Gdańsku.

Odznaczenia:

• odznaczenie papieskie "PRO ECCLESIA ET PONTIFICE" (Za Kościół i Papieża)
• Medal "Pro Memoria"
• Odznaka ministra Kultury Rzeczpospolitej Polskiej "Zasłużony Działacz Kultury"
• Srebrny medal Za Zasługi dla Pożarnictwa
• Złota Odznaka Zasłużony Działacz Kultury Fizycznej
• Honorowa Odznaka Rzemiosła
• Srebrny medal za zasługi dla Policji
• Złota Odznaka PZ Kosz
• Nagroda im. Grzegorza Palki, nazywana samorządowym "Oskarem

Jest członkiem nadzwyczajnym Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej oraz Zrzeszenia Kaszubsko-Pomorskiego.

Jacek Karnowski jest ratownikiem i założyciel sopockiego WOPR, posiada patent sternika jachtowego i motorowodnego, jest instruktorem narciarstwa.