Od kilkunastu lat związany jest z Instytutem Rozwoju Wsi i Rolnictwa PAN, gdzie kieruje  Zakładem Integracji Europejskiej.

Będąc dyrektorem Ośrodka Studiów Amerykańskich na Uniwersytecie Warszawskim, Profesor uruchomił w 1991 r. na tej uczelni  pierwsze w Polsce magisterskie studia amerykanistyczne (na wzór area studies istniejących w uczelniach zachodnich).

1996-2014 - kierownik Katedry Ekonomii Politycznej, Uniwersytet Warszawski

W latach 1970-2014 -  Prodziekan i Dziekan wydziału, Wydział Nauk Ekonomicznych Uniwersytetu Warszawskiego.

Profesor Jerzy Wilkin odbył wiele staży naukowych i wizyt studialnych oraz prowadził wykłady w kilkunastu krajach, w tym  jako Visiting Professor (USA - Indiana University, Kent State University, Notre Dame University), a także w Chinach, Wielkiej Brytanii, Belgii, Włoszech, Niemczech, Węgrzech, Korei Południowej, Słowacji, Czechach oraz Francji.

Jest autorem ponad 300 publikacji z zakresu teorii ekonomii, ekonomiki rolnictwa i obszarów wiejskich, polityki rolnej i integracji europejskiej.